Уж очень похоже на недожим сцепления. Что-то такое было и у меня.
Тоже самое , только когда машина разогреется , скрипит просто ужасно попробывал по гарантии , вежливо послали ( Дело было на НЕОНЕ)
Было такое! Заедь на сервис, скажи скрипит кулиса КПП, смажут( смазывается из под днища, надо снимать защитный экран глушителя).Возьмут рублей 500 или бесплатно ,если Гарантия. Все будет ОК! С НОВЫМ ГОДОМ!!!
Была такая проблема , скрип при переключении на первую , и с первой на вторую , решил все на ТО - 5 , сняли экран снизу и смазали .Фотки здесь : http://www.skoda-piter.ru/forum/index.php/topic,10038.0.html